Die St.Petri-Gemeinde entstand bereits im 12. Jahrhundert auf der Insel zwischen den beiden Spreearmen, im damaligen Cölln. Die Bewohner dieses leicht hügeligen, bewaldeten Gebietes waren überwiegend Fischer und einfache Handwerker, was sich noch im heutigen Namen Fischerinsel wiederspiegelt. Im Verlauf ihrer langen Geschichte baute die Gemeinde wenigstens fünf Kirchen im Zentrum dieser Insel, deren Gestalt und Baugeschichte sehr unterschiedlich dokumentiert sind. Eine erste Kirche entstand vermutlich als spätromanische Feldsteinkirche in der ersten Hälfte des 13. Jahrhunderts. Bereits 1370 musste sie einer deutlich größeren, dreischiffigen spätgotischen Hallenkirche weichen, die 1730 durch Brand zerstört, 1733 als barocke Kirche neu errichtet und 1809 wiederum durch Feuer vernichtet wurde. Bis 1846 hatte sich die Gemeinde zu gedulden, ehe der Beschluss zum Aufbau einer neuen, diesmal neugotischen Backsteinkirche gefasst werden konnte und die dazu nötigen Geldmittel den Baubeginn erlaubten. In der Zwischenzeit fanden die Gottesdienste im Dom und in der Gertraudenkirche am Spittelmarkt statt. Erst 1852 wurde der Bau dieser letzten Petri-Kirche fertiggestellt; sie entstand nach Entwürfen von Johann Heinrich Strack, besaß ein Querschiff, vier achteckige Seitentürme und hatte einen Kirchturm von 96 m Höhe, damals der höchste Turm Berlins. Die Kirche besaß 1500 Sitzplätze, bot aber insgesamt Platz für etwa 3000 Gemeindeglieder. Sie hatte eine der größten Orgeln Berlins.
1945 wurde sie ein Opfer des Zweiten Weltkrieges, allerdings weniger durch Bombenabwurf als durch Beschuss und Kampfhandlungen in den letzten Kriegstagen. Ihre Ruine stand später einer sozialistischen Stadtplanung im Wege und musste von der Gemeinde aufgegeben werden. 1964 verschwand sie endgültig aus dem Stadtbild. Die Gemeinde versammelt sich seit dem Krieg in ihrem Gemeindehaus in der Neuen Grünstraße 19.